Tranh cãi về giấy phép công cộng GNU v3.0:

Mặc dù bản quyền là cơ chế pháp lý chính mà các tác giả FOSS sử dụng để đảm bảo sự tuân thủ giấy phép cho phần mềm của họ, các cơ chế khác như luật pháp, bằng sáng chế và nhãn hiệu cũng có ý nghĩa trong cơ chế pháp lý. Để đối phó với các vấn đề pháp lý với bằng sáng chế và Đạo luật bản quyền kỹ thuật số thiên niên kỷ (DMCA), Tổ chức phần mềm tự do đã phát hành phiên bản 3 của Giấy phép công cộng GNU vào năm 2007, giải quyết rõ ràng các vấn đề về DMCA và quyền sáng chế.

Sau sự phát triển của giấy phép GNU GPLv3 năm 2007, Tổ chức phần mềm tự do (với tư cách là người giữ bản quyền của nhiều phần của hệ thống GNU) đã cập nhật nhiều giấy phép của các phần mềm GNU từ GPLv2 sang GPLv3. Mặt khác, việc áp dụng bản mới của Giấy phép công cộng đã được thảo luận rất nhiều trong hệ sinh thái FOSS[35]. Một số dự án FOSS chống lại việc thay đổi giấy phép sang GPLv3 như nhân Linux, VLC media player và Blender vẫn giữ giấy phép GPLv2.

Apple đã từng sử dụng bộ trình dịch GNU làm trình biên dịch cho Xcode IDE đã chuyển sang Clang là trình biên dịch FOSS khác nhưng theo giấy phép thừa nhận phần mềm[36], LWN suy đoán rằng Apple thúc đẩy việc thay đổi một phần bởi mong muốn tránh giấy phép GPLv3. Ngoài ra Apple cũng chuyển Samba trong bộ phần mềm của họ bằng một phần mềm thay thế độc quyền, nguồn đóng do dự án Samba chuyển sang giấy phép GPLv3[37].

Sự ích kỷ, ưu tiên và làm việc kém hiệu quả của nhà phát triển:

Leemhuis chỉ trích sự ưu tiên của các nhà phát triển lành nghề - thay vì khắc phục các sự cố trong các ứng dụng phổ biến và môi trường desktop, họ lại tạo ra phần mềm mới, chủ yếu là dự phòng để đạt được danh tiếng và vận may.[38]

Ông cũng chỉ trích các nhà sản xuất máy tính xách tay chỉ tối ưu hóa các sản phẩm của riêng họ hoặc tạo ra cách giải quyết thay vì giúp khắc phục nguyên nhân thực tế của nhiều vấn đề với Linux trên máy tính xách tay như tiêu thụ mức điện năng không cần thiết trên sản phẩm hoặc sự thiếu trình điều khiển thiết bị.[38]

Quyền sở hữu thương mại của phần mềm nguồn mở:

Các vụ sáp nhập đã ảnh hưởng đến phần mềm nguồn mở lớn.

Năm 2008, Sun Microsystems đã mua lại MySQL AB, chủ sở hữu của MySQL là hệ quản trị cơ sở dữ liệu tự do nguồn mở phổ biến nhất thế giới.[39]

Oracle đã lần lượt mua Sun Microsystems vào tháng 1 năm 2010, mua bản quyền, bằng sáng chế và nhãn hiệu của họ. Do đó Oracle đã trở thành chủ sở hửu của cả cơ sở dữ liệu độc quyền và cơ sở dữ liệu nguồn mở lớn nhất thế giới. Những nỗ lực của Oracle nhằm thương mại hóa cơ sở dữ liệu MySQL nguồn mở đã gây ra mối lo ngại trong cộng đồng FOSS[40]. Một phần để đáp lại sự không chắc chắn về tương lai của MySQL, cộng đồng FOSS đã chia dự án thành các dự án hệ thống cơ sở dữ liệu mới ngoài tầm kiểm soát của Oracle. Các dụ án đó bao gồm MariaDB, Percona và Drizzle.[41] Tất cả đều có tên riêng biệt; chúng là các dự án riêng biệt và không thể sử dụng tên thương hiệu MySQL[42].

Vấn đề pháp lý:

Oracle với Google

Vào tháng 8 năm 2010, Oracle đã kiện Google, tuyên bố rằng việc sử dụng Java trong Android đã vi phạm bản quyền và bằng sáng chế của Oracle. Vụ kiện Oracle với Google đã kết thúc vào tháng 5 năm 2012, với việc phát hiện ra rằng Google không vi phạm bằng sáng chế của Oracle và thẩm phán xét xử đã phán quyết rằng cấu trúc của các API Java được Google sử dụng là không có bản quyền. Bồi thẩm đoàn nhận thấy rằng Google đã vi phạm một số lượng nhỏ các tệp được sao chép, nhưng các bên quy định rằng Google sẽ không trả tiền thiệt hại[43].

Oracle đã kháng cáo lên Tòa phúc thẩm liên bang Hoa Kỳ và Google đã đệ đơn kháng cáo với các yêu cầu chứng thực bản quyền.[44]